万历二十年，大师四十七岁。这年七月到京都访紫柏尊者达观大师，相会于都门西郊园中。达观大师见大师到来非常高兴，两人相对兀坐四十昼夜，目不交睫，谈论着如何撰写明代《传灯录》，并约定在曹溪相见，共同开辟禅宗的一代法脉。后来又同大师一同上石经山，观看了石经洞。　　石经洞里石板刻的藏经是晋朝一位静琬法师，因顾虑三灾坏劫无佛法，就在房山县凿石为板，刻了一藏佛经贮藏在山洞里，又用石门封闭。到了明朝时，这石经洞的塔院被和尚出卖，达观大师发心把它赎了过来。因此保全了石经法宝。这时，大师作了《琬公塔院记》和《重藏舍利记》，刻在塔院里。　　　　第二年，牢山东区出现灾荒，饿死了很多人。大师把山中储存的斋粮，全部分给近山的居民，但仍不够，大师又乘船到辽东，买来豆数百石，使靠山的居民，没有饿死一个。十月冬至节，大师到京朝贺太后，太后留大师过冬，并请大师在慈寿寺说戒。这时大师知太后储蓄已厚，就请她修建报恩寺。但因日本侵犯朝鲜，朝廷正商议派兵讨伐，修建之事只得暂停。　　　　神宗皇帝因信仰道教，对内使经常为佛事行走，素来憎恶。有一次，太后派内使到东海牢山时，内庭以偶然事故触怒了神宗，又傍及了太后，大臣们都觉得很危险。这正给朝内反对太后的朝贵一个下手的机会，有些打算先把送经内使除掉，然后借用以前方士闹事的流言来打击大师和太后。因此他们先命令监视官员的服役人员，扮作道士的模样，上殿击鼓呈状，告大师侵吞国家库银。皇上一阅，不禁大怒，下旨逮捕大师与送经使者。　　　　大师听到这一消息，就召集了大众说：“佛陀的慈悲拔苦精神，就是为了一个众生，也不舍三涂苦趣。这东海是边地，素来不闻三宝的名号。我在这里教化十二年，连三岁的孩子都知道念佛了。至于那些舍邪归正，修行佛法的，连乡比户都是。看到佛法在这里生根发芽，我的愿心已满足了，死又有什么值得遗憾呢？只是未能重兴报恩寺，感到有些痛心罢了！”　　　　当大师告别大家，离开即墨城的时候，城中的百姓老少，都流着眼泪来送别，对大师此行的安危都十分担心。　　　　大师到了京都，奉圣旨下押镇抚司。在升堂拷问时，执事官先受风旨，准备迫大师尽招太后在各山所施的资财。在苦刑的拷讯下，大师说：“我作为僧人来说是惭愧的，因为无法报答国家和人民给我的恩典。今天，我不会可惜这生命的完结，只是这样不分青红皂白的死去，的确有伤于皇上对太后的大孝啊！我如果为了奉迎皇上，曲意妄招而损坏了纲常之道，的确不是臣子爱护君王的诚心，这样做怎么对得起历史上那些清白高尚的贤哲们呢？”大师以精诚之心抵制了诬告，仅招认了以前供养的七百余金，愿请皇上查内库帐簿。当清查了内库后，除了以前代赈的七百余金外，果然没有丝毫差错，神宗这才明白过来，于是母子和好如初。但皇上还是以大师私自建寺为由，贬大师流放雷州充军。　　　　自大师三月下狱起，京城内外诸寺院都为大师诵经礼忏，有些和尚还燃香炼臂持咒加持大师。　　　　到了十月底大师将南行时，朝中许多士大夫们，大多穿着亵服，偏倚一足来相送。　　　　十一月，大师到了南京，在长江边上老母亲来与大师诀别。大师见老母亲欢喜交谈，音声清亮，胸中没有丝毫的滞碍，于是问：“当您听到儿子死生之际，难道就不忧愁吗？”老母亲说：“死生是由业力而定，我自己的死生尚且不忧，何况是你呢。但人言参差，我对此事又没有决定的见解，所以觉得有些怀疑。”母子俩就这样坐谈到天亮，在即将诀别时，老母亲嘱咐说：“你应善以大道自爱，不要替我担忧，今天我也与你长别了！”老母亲说完，头也不回地欣然上路去了。大师望着母亲远去的背影，感慨地想：“天下的父母都能这样，岂不可以顿尽生死之情了吗？”于是下笔写了一首《母子铭》：　　　　母子之情，磁石引铁，　　　　天然妙性，本自圆成。　　　　我见我母，如木出火，　　　　木已被焚，火原无我。　　　　生而不恋，死若不知，　　　　始见我身，是石女儿。　　　　达观大师因在石经山与大师相约，愿在曹溪共振宗风，当大师遇难时，达观大师正在匡山天池等候。听到大师遇难的消息，内心大惊道：“要是失去憨山大师，那曹溪共兴的愿望也不能实现了！”　　　　达观大师先赶到曹溪，然后到京请好友相救。再折回聊城，听说大师准备离京，就回南京等待。　　　　大师到南京后，在长江边一个庵中与达观大师相见。达观大师提议要大师陈白冤屈，大师不同意，认为这是定业所感，不必多言。临别时，达观大师把住大师的手臂说：“我在天池听说你遇难，就对佛许下了诵《法华经》百部的愿，为了你平安，只有靠我的心愿和你的口舌来完成了！”大师听了，唯唯谢别。达观大师又把所作的《逐客说》赠给大师。