噶玛巴为明太祖荐福图（长卷局部）

1368年朱元璋在南京称帝，建立明朝。当年明军北伐元顺帝逃离北京。1370年明军攻取洮、岷等州，并进克元朝的吐蕃等处宣慰使司都元帅府（脱思麻宣慰司）的治所河州，与此同时，明军另一路攻下元顺帝所据的应昌府，元顺帝不久病死，在北元势力大部被歼灭的情况下，原先一直忠于元朝的西北藏族首领才陆续顺应形势归附明朝。1370年河州地区的故元吐蕃宣慰使何锁南普降明，明太祖派人深入乌思藏地区招抚政教首领，1372年萨迦派的故元摄帝师喃加巴藏卜等归降明朝，并带领六十多人赴南京朝见了明太祖。哺加巴藏卜被明太祖封为“炽盛佛宝国师”，他还先后两次向明朝举荐故元的藏族旧官一百多人，他们都受到明朝的封赏。当时控制乌思藏大部分地区的帕竹政权的第悉（帕竹政权的首领的称号）是大司徒绎曲坚赞的侄子释迦坚赞（即《明太祖实录》所记的“故元灌顶国师章阳沙加”），元朝曾封他为灌顶国师。河州卫在了解乌思藏的情形之后，即向明太祖建议对他给以封赏，于是明太祖下诏仍封给他灌顶国师之号，并遣使赐玉印及彩缎、表里。而释迦坚赞就在1373年正月遣使入朝，贡以佛像、佛书、舍利。

明朝皇帝封帕木竹巴为灌顶国师阐化王

在争取到藏族地区大部分僧俗首领的归附以后，明太祖考虑到“彼方地广民稠，不立重镇治之，何以宣布恩威”，于是对藏族地区的管理机构进行了一些调整和补充。1374年7月，明朝设西安行都指挥使司于河州，升河州卫指挥使韦正为都指挥使，总辖河州、朵甘、乌思藏三卫。后来又升朵甘、乌思藏二卫为行都指挥使司。当年12月炽盛佛宝国师喃加巴藏卜及朵甘行都指挥同知锁南兀即儿等遣使来朝，又奏举土官赏竺监藏等五十六人。明太祖遂设朵甘宣慰司一、招讨司六、万户府四、千户所十七，以赏竺监藏等分别为指挥同知、宣慰司使、招讨司官、万户、千户等，并派员外郎许允德携诏书及诰、印前往赐之。

明朝在确定藏族地区的都指挥使司、卫、所的行政体制后，陆续委任了不少藏族首领担任都指挥使司和卫所的官职。明历朝实录和一些藏文史料中不乏这类关于藏族首领朝贡、受封赏的记载。由此我们可以说至少在明朝的前半期，明朝的都指挥使司、卫所的行政体制是在包括乌思藏在内的广大藏族地区得到实行的。例如，洪武十二年（1379）二月丙寅，“乌思藏指挥同知监藏巴藏卜、宣慰司官朵儿只令真、前都元帅索南藏卜、赏巴前司徒罗古监藏、仰思多万户公哥帕遣镇抚汝奴藏卜、僧哈麻刺来朝，贡兜罗帽、铁骊绵等物。”这里的赏巴前司徒罗古监藏是襄南木林的达那宗巴家族的罗追坚赞，他是著名的萨迦本钦甲哇桑布的第三子，曾被元朝封为司徒，《汉藏史集》说他在任襄南木林的首领时，兴建了同曼大城堡。这里的仰思多万户公哥帕即是江孜法王家族的首领贡噶帕，是江孜自居寺创建者热丹贡桑帕巴的父亲。“仰思多”即“年多”，指年楚河上游地区，为江孜地区的异称。贡噶帕曾任萨迦朗钦，是江孜宗城堡的兴建者。江孜在元代并不是一个万户，这里称他为仰思多万户，显然是明朝封给他的官职。洪武十八年（1385）正月丙寅，“以西番班竹儿为乌思藏都指挥使”。这里的班竹儿应是蔡巴家族的班觉桑布，他是著名的《红史》的作者贡噶多吉的长孙。《西藏王臣记》称他为“指挥班觉桑布”。同月壬午，“以乌思藏俺不罗卫指挥使古鲁监藏为乌思藏卫俺不罗行都指挥使司指挥佥事”。这里的俺不罗即羊卓，在元代为一个万户府，此名是说古鲁监藏的官职从卫指挥使提升为都指挥使司指挥佥事，这两个官职都是正三品。最初，明朝是封蔡巴、羊卓、止贡、嘉玛等故元万户府首领为乌思藏的行都指挥使或都指挥佥事等职，对帕竹政权的家臣中的内邬宗、桑珠孜宗的宗本则称为寨官。后来在了解帕竹政权的情况后，明朝就开始任命帕竹政权的主要宗本为乌思藏行都指挥使司的官员，并且进一步在内邬宗和仁蚌宗这两个最大的宗设立了行都指挥使司。明朝在藏族地区封授的指挥使、都指挥使佥事、千户、百户等官职都准予世袭，但是重要官职的袭职要经过皇帝的批准，并换发敕书和印信。

明永乐帝给尚师哈立麻的信

到永乐皇帝时，随着明朝对藏族地区情况的进一步了解，明朝对西藏的掌管一方、具有一定实力的高僧的分封也日益增多，其中地位最高、最为著名的有阐化王、护教王、赞善王、辅教王、阐教王等五个王。对于这些王的地位和性质、职权，有待进一步的研究分析。明代，在汉族地区只有皇帝的亲属朱姓男子才有可能被封为王，他们分散在全国各地，被称为“藩王”，享受丰厚的物质待遇，但是一般不参与地方和国家的行政事务。其他的功臣即使功劳再大，最多也只能封为候爵。对少数民族的政治首领，在他们表示臣服明朝的条件下，可以被封为王，例如塞北的蒙古各部的首领，有一些人拥有强大的政治军事力量，曾被明朝封给王号。而明朝在藏族地区所封的王则与他们有所不同，这些王是掌管一方的地方首领，但是他们又往往具有佛教僧人的身份。因此，他们的继承有的是师徒相传，有的是侄子继承，也有的是父子传承。因此他们的地位可以说是在世俗的王和明朝所封佛教首领的法王之间，既有掌管一方地区行政的世俗的王的成分，也与宗教的法王相类似的成分，因此明朝给他们的封号都带有佛教的内容。

明永乐帝所赐“如来大宝法王之印”印及印文

明帝赐“乌思藏宣慰司分司”印

永乐四年（1406）三月壬辰，明成祖派遣使者赍诏封乌思藏怕木竹巴吉刺思巴监藏巴里藏卜（扎巴坚赞）为灌顶国师阐化王，赐螭纽玉印、诰命，仍赐白金五百两、绮衣三袭、锦绮五十匹、彩绢百匹、茶二百斤。以后帕竹政权的历任第悉，都拥有阐化王的封号。永乐四年（1406），明成祖令智光和尚出使乌思藏，灵藏僧人著思巴儿监藏遣使随智光来朝，被封为灌顶国师。第二年又被封为赞善王，并赐金印、诰命。赞善王的辖地在今天四川德格一带。永乐四年（1406），馆觉地方的政教首领宗巴斡即南哥巴藏卜遣使入贡，被永乐皇帝封为灌顶国师，并赐以诰命。第二年（1407），宗巴斡即南哥巴藏卜派遣使者入朝谢封，又被明成祖封为护教王，并赐金印、诰命，仍享有国师称号。馆觉地方即是今天昌都地区的贡觉县。赞善王和护教王的教派不详，可能与帕竹噶举、噶玛噶举和萨迦派都有密切关系。永乐十一年（1413），明成祖封思达藏地方（在今天的西藏日喀则地区境内）萨迦派首领南渴烈思巴（按《萨迦世系史》，他是款氏家族成员，全名为南喀勒贝洛追坚赞贝桑布）为辅教王，并赐诰印、彩币。此后贡使双方往来不绝，杨三保、侯显都曾被派往颁赐，而辅教王辖下的许多僧人也都前来朝贡，有的还留在北京任职。景泰七年（1456），南渴烈思巴派遣使者来朝贡，上陈自已年老，请求以其子喃葛坚粲巴藏卜代替，得到皇帝允许，赐以诰印、金册、彩币、袈裟、法器等。永乐四年（1406），止贡地方的止贡噶举首领锁南藏卜派使者朝贡，成祖封锁南藏卜为灌顶国师，赐予衣服、钱币等优厚的赏赐。十一年（1413），成祖又加封他为灌顶慈慧净戒大国师，并封其僧人领真巴儿吉监藏为阐教王，赐以印诰、彩币，命其管理止贡地方。

明朝除在藏族地区设置卫所，委任藏族僧俗首领外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。在明朝对这些藏传佛教的宗教首领人士的封授中，以永乐年间封噶玛噶举派黑帽系活佛为大宝法王，封萨迦派首领为大乘法王，封格鲁派高僧释迦也失为西天佛子（宣德年间加封为大慈法王）最为重要；其次是封藏传佛教的高僧为大国师、国师及禅师等。

明帝所赐“灌顶国师阐化王”之印

明帝封赐“噶玛巴”印及印文

1374年元朝摄帝师喃加巴藏卜向明太祖举荐元故官六十余人时，可能也包括噶玛巴乳必多吉在内，明太祖封他为灌顶国师。1383年噶玛巴乳必多吉去世，其转世为五世噶玛巴得协银巴（1384—1415），本名却贝桑布，西藏娘布地方人，四岁开始跟从噶玛噶举派红帽系二世活佛喀觉旺波学佛，被认定为乳必多吉的转世。十八岁时受到康区馆觉地方首领斡即南哥的尊奉和供养，他在康区一带巡游传法，很有名声。明成祖在他正式即位的1403年“遣司礼监少监侯显赍书、币往乌思藏，征尚师哈立麻。盖上在藩合邸时，素闻其道行卓异，至是遣人征之”。噶玛巴得知消息后，于1406年从楚布寺出发。当年7月，噶玛巴在康区噶玛寺见到了侯显等使者，领受诏书，即随侯显等人一道前往南京。他们经青海一路于11月抵达河州。然后经陕西、河南、安徽，乘船入长江，于1407年藏历正月抵达南京，驻锡灵谷寺。噶玛巴除了率领僧众在灵谷寺（今南京市中山陵东面）设十二坛城为明太祖夫妇作超度法事十四天外，还在皇宫中设坛为明成祖传授无量灌顶，讲经译经。噶玛巴活佛在南京所做的超荐法事和为明成祖传授灌顶等，自然不仅是一般意义上的佛教活动，当时明成祖刚刚用武力从他的侄子建文皇帝手中夺得皇位，在南京还面对着残留的建文皇帝的支持者的对抗和谴责，因此他急需利用从西藏招请来的噶玛巴活佛帮助他树立精神上的威望和表现他对其父母明太祖夫妇的思念和孝心。因此，明成祖对年轻的噶玛巴活佛表现了超乎寻常的倚重和尊崇。可能正是出于这样的考虑，明成祖决心对噶玛巴给予超过明太祖对藏传佛教首领加封的惯例的封号。永乐五年三月丁已，明成祖封得银协巴为“万行具足十方最胜圆觉妙智慈善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛”，命他领天下释教，赐印、诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器皿、鞍马，并封其徒孛隆逋瓦桑儿加领真为灌顶圆修净慧大国师、高日瓦领禅伯为灌顶通悟弘济大国师、果栾罗葛罗监藏巴里藏卜为灌顶弘智净戒大国师，并设盛宴于华盖殿，宴请噶玛巴师徒，以示庆祝。噶玛巴得银协巴在南京、五台山等地停留达一年多，于永乐六年（1408）四月辞归，明成祖赐给他白金、彩币、佛像等物，派中官护送。得银协巴回到拉萨和楚布寺后，向大昭寺的觉卧佛像献了无比珍贵的珍珠袈裟，并给前后藏各教派有五名僧人以上的寺院熬茶布施，拉萨地区的领主内邬巴把拉萨布达拉山上的庙宇供献给他作为驻锡之地。他给阐化王扎巴坚赞等人讲经说法。可是不久以后，得银协巴在藏历木羊年（1415）八月十五日因突然患重病而去世。黑帽系第六世活佛通哇敦丹（1416—1453）继承了大宝法王的封号，从1426年到1450年的二十多年中，他先后八次遣使向明朝进贡，明朝曾召请他进京，但未能成行。宣德元年（142年）四月甲申，“赐如来大宝法王等使臣指挥使公哥等金织文绮、袭衣等物有差”。当时通哇敦丹年仅十一岁，可见明朝是承认他自动地继承了得银协巴的大宝法王的封号的。

明帝所赐“正觉大乘法王之印”印及印文

被明成祖封为大乘法王的是萨迦派都却拉章的贡噶扎西（明代汉译为昆泽思巴）。其祖父为元朝的帝师贡噶坚赞贝桑布（1333－1358年任帝师），父亲为大元却吉坚赞。大元却吉坚赞在反对绎曲坚赞彻底失败，萨迦势力被迫迁到达仓宗以后于1356年到大都，被元顺帝封为“中兴释教大元国师”，并成为皇太子爱猷识理达腊专门供奉的上师。他与帝师喇钦索南洛追等在朝廷继续控告大司徒绎曲坚赞，但是没有成功，而于1359年在大都去世。贡噶扎西从幼年时起就开始学佛，在1372年以喇嘛丹巴索南坚赞为师受比丘戒，专心学习各种经论，到前后藏各地朝佛巡礼，讲经说法，成为萨迦款氏家族成员在宗教活动方面的一个代表人物，声名远扬，引起了明成祖的注意，两次造使前来召他进京。贡噶扎西当时年事已高（已60岁），不听旁人劝阻，决心进京，于永乐十年（1412年）四月由萨迦寺动身，经过十个月的跋涉，于永乐十一年（1413）二月到南京朝见，并多次讲论佛法，深受皇帝敬信，被封为“万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国演教正党大乘法王西天上善金刚普应大光明佛”，赐给管领僧众、护持释迦牟尼教法之诏书及金印。此后，他又去了北京、五台山等地，然后再到南京，为明成祖传授灌顶及经咒、护持等。明成祖赐给他银质喜金刚像、大威德像、铃、金刚杵等无数法器，此外还有大藏经、供器、僧帽、袈裟等，以及各种珍宝、金器、银器、绸缎、大小帐幕、茶叶、牛、马、骡等无数财宝。他于马年（1414）正月离开朝廷，十二月回到萨迦寺。贡噶扎西此次进京的另一重要收获是争取到明成祖发布命令让帕竹政权把萨迦大殿交还给萨迦派掌管，使萨迦众人努力了几十年的大事终于有了结果。1413年5月，明成祖派侯显等人从京城出发进藏，以向乌思藏许多首领传达旨意，其中带去了命令帕竹第悉交出萨迦大殿给予原主萨迦派的诏书，12月侯显等人到达西藏，在颇章孜宣读诏书，萨迦派举行了十分隆重的庆典。此事反映出明朝中央对西藏政教势力之间的争执有决定处理的权力。

明代雕龙玉钟

被明朝封为大慈法王的，是明朝初期才创建的藏传佛教的新兴教派格鲁派的代表人物释迦也失，而释迦也失是代表其师宗喀巴（tsong-kha-ps，格鲁派的创始人）入朝觐见的。还在格鲁派正式创立之前，宗喀巴的传法授徒活动就通过帕竹第悉、内邬宗本等人的介绍和明朝入藏使者的报告引起了明成祖的注意。1403年明成祖派候显等人入藏召请噶玛巴得银协巴进京。1406年明成祖又遣使赍诏封帕竹第悉扎巴坚赞为阐化王。约在此时，明成祖给宗喀巴也送去了邀请的诏书，所以在藏历第七饶迥土鼠年（1408）六月，宗喀巴给明成祖写了一封回信，请明朝的使者带回。在这封回信里，宗喀巴对收到皇帝赐予的大量礼品表示衷心感谢，对皇帝的邀请则予以婉拒，“余非不知此是大地之大主宰为佛法着想之谕旨，亦非不遵不敬陛下之诏书，但我每与众人相会，便发生重病，故不能遵照圣旨而行，惟祈陛下如虚空广大之胸怀，不致不悦，实为幸甚！”明成祖仍然努力召请宗喀巴大师进京一见，永乐十一年二月（1413），当大乘法王已到京会见后，明成祖命使者侯显等再次赍诏召请宗喀巴大师，宗喀巴大师对众使者详细说明他不能进京的缘由，并给皇帝写了说明情况的回信，准备了回赠的礼品，请使者们带回。在这种情况下，很可能是明朝的使者们想到了请宗喀巴派一名弟子代替他入朝的办法，因此宗喀巴派弟子释迦也失代表他进京。

明帝所赐唐卡“大慈法王像”

明帝封南格列巴为辅教王之敕书

释迦也失出身于蔡巴地方首领的家族，于藏历第六饶迥的木马年（1354）生于拉萨东北的蔡贡塘。他从幼年时开始学佛，曾拜过许多老师学习佛法，后来以宗喀巴作为自己的根本上师，并随侍左右，担任了宗喀巴大师的司茶侍从。当侯显等使者请宗喀巴派一名殊胜弟子前往并得到宗喀巴同意后，释迦也失遂同侯显等同行前往内地。侯显等人随即将这一情况向永乐帝奏告。释迦也失师徒和侯显等使者们经山南、康区、里塘，抵达成都附近，受到成都府大小官员和军士的热烈欢迎。当他到达成都府城内时，永乐帝派来传送诏书的使者已在此恭候。诏书中说：“今闻上师你已离西上，不顾途中风雨烈日寒暑，渐次已行数万里之遥，前来此处，故朕心甚悦，难以言说。现今复遣人于途中赠礼迎接，以示缘起，以表朕心。”1413年11月，释迦也失等到达北京城附近时，受到九门提督等官员的欢迎。在他们的接送下，释迦也失抵达有三层外城墙的京城北面外城墙，并下榻于莲花池旁的海音寺（或法音寺），这时永乐帝又派人送来圣旨，对释迦也失“不计数万里之路，跋山涉水，触风冒雨，历尽艰辛前来”。表示十分高兴，考虑到上师“远途而来，身体疲乏”，谕示上师面圣时可免行礼。接着释迦也失在皇宫中心的大善殿朝见了皇帝。皇帝非常欢喜，为他举行了盛大的接风宴会，并多次给予赏赐。次年明成祖调集全国五十多万军队，亲自率领，出长城攻打蒙古瓦拉部。在取得战争的胜利返回北京后，1415年4月，“命尚师释迦也失为妙觉圆通慧慈普应显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之诰命”。据藏文史料称，释迦也失在京期间，还用医药和传授灌顶的办法为明成祖治好了重病。此外，还在五台山建了六座寺院，这些寺院按照藏传佛教格鲁派的修行次第修习佛法。1416年释迦也失带着在汉地首次刻版印刷的大藏经《甘珠尔》朱砂木刻本的荐新样本和明成祖亲自撰写赞语的释迦也失的画像回到了西藏。这是两件重要的文物，前者是中国最早的藏文木刻版大藏经，对后来藏区的刻版印刷术和藏族文化的发展具有深刻的影响。这部珍贵的藏文木刻版大藏经至今仍保存在色拉寺中。1416年释迦也失回到拉萨后向宗喀巴大师供献了从汉地带回的大量财物。1419年，宗喀巴大师在临去世前到了色拉却顶，并指示释迦也失在此兴建一座大寺院，在释迦也失主持下，色拉寺在当年动工，费用由内邬宗本南喀桑布提供大部分，释迦也失从汉地带回的财物也起了重要作用。1425年5月释迦也失再次到北京，在北京居住十余年，并在这期间宣德皇帝封他为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普慧辅国显教至善大慈法王西天正党如来自在大圆通佛”。最后释迦也失于1435年在返藏途中去世，享年82岁。他在北京时曾带领藏族僧人为兴建法海寺捐资助缘，留存至今的北京法海寺的石碑上他名列首位。

色拉寺

明成祖不但封藏传佛教领袖为大宝法王、大乘法王等，而且对他们的弟子也封给大国师、国师的名号。从明成祖到景泰帝、成化帝，明朝封了许多藏族僧人为大国师、国师等，并赐给封诰和印章，明朝所封授的大国师、国师等职，不仅仅是一个名号，而且还有品级。一般大国师为秩四品，国师为五品，禅师为六品，他们在京城，还给以俸禄，所以当时留居北京的藏传佛教僧人很多，其开支全由光禄寺供应。宣德十年（1435）明宣宗去世，明英宗即位，年方九岁。当时明朝为节约开支，曾下令减少在京居留的藏族僧人。据统计当时在北京各寺院中仅官府认为应当减去的藏族僧人即达1100多人。明英宗掌政后仍然大量封授藏族僧人，在宪宗成化、孝宗弘治、武宗正德年间更达到高峰，宪宗成化末年有时一次升职授职的藏族僧人达数十人之多，明武宗还专门在西华门内修建了一座“豹房”，同藏族僧人一起诵经、研习经典，以致于有记载说明武宗通晓梵（藏）语，他还自封为大庆法王，自已给自己颁发了一枚“定为天字一号”的“大庆法王西天觉道圆明自在大定慧佛”的金印。正德十年（1515）明武宗派太监刘允到西藏赍送番供等物，迎请“活佛”。刘允这次出使，动员大批人力财力，严重扰乱地方，耗费巨大，结果却完全失败。到明世宗嘉靖时，由于明世宗崇信道教，排斥藏传佛教，藏族僧人在北京的活动才进入低潮。

帕竹政权在明代保持着对西藏主要地区的控制权，但是萨迦派还控制着后藏的一些地区（吉隆、拉孜等）。大司徒绎曲坚赞曾对帕竹政权规定了许多制度，如帕竹第悉必须是朗氏家族的出家僧人，并且要担任过泽当寺的法台，各个宗的宗本由有功的家臣担任，而且实行轮换，以保证政权的统一。第三任第悉京俄扎巴绎曲生于1356年，1371年担任丹萨替寺法座，本来是不应当担任第悉的，但是1373年第二任第悉释迦坚赞去世后，帕竹议事会全体成员恳请他兼任帕竹第悉。他同意在其异母弟索南扎巴成年前兼任这两个职务，因此被称为“喇本”（即同时担任帕竹第悉和丹萨替寺京俄的人）。1381年，他扶植索南扎巴任帕竹第悉，自己仍任丹萨替寺京俄。第四任第悉索南扎巴时，由于帕竹内部出现一些纷争，他辞去第悉职务，到丹萨替寺就任京俄。到1405年，他又辞去京俄职务，遁世修行，第五任第悉阐化王扎巴坚赞时，对一些制度作了改变，特别是宗本实行家族世袭，使仁蚌巴、琼结巴、内邬巴、扎喀哇等家族成为具有固定领地的封建领主。与此同时，扎巴坚赞还厘定条例，规定帕竹各级官员按品级的高低，穿戴不同的服饰，制定官员集会的礼仪，强化封建统治集团内部的等级制度，以此来维护封建统治秩序。1432年扎巴坚赞去世后，帕竹朗氏家族开始发生分化和内争，第六任第悉扎巴迥乃的父亲桑结坚赞企图取代儿子的第悉职位，在1434年引起一场大动乱，一些贵族世家乘机掌握了实权。扎巴迥乃在担任第悉后还俗娶妻，破坏了绎曲坚赞关于帕竹第悉只能由僧人担任的规定。从此以后，帕竹政权的历任第悉由娶妻生子的在家俗人担任，帕竹第悉成为父子世袭的职位。贵族中权势最突出的仁蚌巴家族，以后藏仁蚌为基地，通过与帕竹家族的联姻，操纵帕竹政权，并引起多次的内战。后来帕竹朗氏家族分为乃东的一支和贡噶的一支。所以明代中后期西藏地方势力的混战和争斗持续不断。直到第悉藏巴在日喀则兴起，建立一个时间很短的第悉藏巴政权。

明朝皇帝准南（喀）坚赞巴藏卜承袭净修圆妙国师封号的诏书

甘丹寺

明代西藏历史中的另一件大事是格鲁派的产生和发展。格鲁派的创始人宗喀巴（1357—1419）是青海湟中县人，7岁出家，16岁时到拉萨学佛。他拜数十位各派高僧为师，学通佛法，后来自己招收弟子，宣传自己的佛教主张。他得到帕竹政权的阐化王扎巴坚赞和内邬宗宗本南喀桑布的支持，在1409年正月在拉萨发起正月祈愿大法会，并在同年兴建甘丹寺。由此建立起格鲁派。格鲁派宣布在教理上继承了阿底峡和仲敦巴所传的噶当派的教法，因此许多噶当派的寺院转为格鲁派，所以发展很快。宗喀巴在世时其弟子扎西贝丹建哲蚌寺（1416年），释迦也失建色拉寺（1419年），与甘丹寺合称为拉萨三大寺，这是格鲁派早期的基础。1419年宗喀巴去世时，格鲁派还没有采用活佛转世的办法来解决领袖人物的继承问题，是由他弟子贾曹杰、克珠杰等相继继承他的法座，称为甘丹赤巴。此后不久，新兴的格鲁派就受到仁蚌巴家族的限制和打击，处于低潮。这期间有宗喀巴晚年时的一个弟子根敦珠巴（1391—1374）在日喀则新建扎什伦布寺，成为格鲁派在后藏地区的中心。根敦珠巴去世时扎什伦布寺的法台仍是由其弟子继承。但是同时有一些人认为在达那地方出生的根敦嘉措（147—1542）是根敦珠巴的转世，并把根敦嘉措迎请到扎什伦布寺居住。由于当时格鲁派中还没有实行活佛转世的制度，所以根敦嘉措的地位一直难以确定。后来根敦嘉措受到扎什伦布寺法台意希孜莫的排斥，离开扎什伦布寺到哲蚌寺学佛。根敦嘉措在前藏各地活动，逐渐有了名望，他又在山南兴建了曲科杰寺。1512年意希孜莫请他返回扎什伦布寺，让他担任扎什伦布寺的法台，这可以说是格鲁派中活佛转世对师徒相传取得了优势。这时仁蚌巴下令禁止格鲁派僧人参加拉萨正月的祈愿大法会，哲蚌寺僧众请求根敦嘉措返回，1517年根敦嘉措出任哲蚌寺法台，1518年由他主持拉萨正月祈愿大法会，争回了格鲁派僧人参加祈愿大法会的权力。1525年他又兼任色拉寺法台。从此根敦嘉措的历辈转世都要担任哲蚌寺和色拉寺的法台，这就使他的转世系统的影响和实际地位超过了甘丹赤巴，成为格鲁派的实际的领袖

昌都强巴林寺始建于1437年

使得格鲁派能够取得更大发展的关键人物是根敦嘉措的转世索南嘉措（1543—1588）。他看到蒙古军事力量再次进入青藏高原给格鲁派带来的新的发展机会，在1577年应率部到青海的蒙古土默特部首领俺答汗的邀请从拉萨到青海，1578年他们在青海湖南面会见。俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号，这是“达赖喇嘛”这个名词最初出现，格鲁派立即以俺答汗所赠的这个名号作为从根敦珠巴开始的这个活佛转世系统的称号，索南嘉措自然就成为第三世达赖喇嘛。由于索南嘉措和俺答汗的关系，以及他按照明朝的要求劝说俺答汗返回蒙古，他又受到明朝的重视。在索南嘉措1586年到呼和浩特主持俺答汗的葬礼时，明朝派人封他为“朵儿只唱”，并邀请他到北京，但是他1588年在到北京的途中去世。紧接着格鲁派和土默特部认定俺答汗的一个重孙云丹嘉措（1589—1616）为索南嘉措的转世，成为蒙古人出身的四世达赖喇嘛。云丹嘉措带着一些蒙古军队和贵族到西藏坐床，对当时遭到新兴的第悉藏巴猛烈打击的格鲁派是极大的支持，使格鲁派在十分困难的环境中能够生存下来。云丹嘉措到西藏后由扎什伦布寺的法台洛桑曲吉坚赞（1570—1662）当他的经师和授比丘戒的堪布，这提高了洛桑曲吉坚赞在格鲁派和扎什伦布寺中的地位，以后扎什伦布寺的法台就由他和他的历辈转世担任，形成了格鲁派中另一个重要的活佛转世系统即班禅转世系统。

扎什伦布寺

1616年四世达赖喇嘛去世，第悉藏巴利用战胜支持格鲁派的拉萨地区的首领吉雪巴的余威，下令禁止达赖喇嘛转世，没收哲蚌寺和色拉寺的上地和属民。格鲁派从青海请来蒙古土默特部的军队，打败第悉藏巴的军队，加上第悉藏巴彭措南杰去世，新任第悉藏巴噶玛丹迥旺波只有十六岁，左右亲信意见不一，在洛桑曲吉坚赞的请求下，噶玛丹迥旺波同意准许寻找云丹嘉措的转世。这样五世达赖喇嘛才得以认定并迎请到哲蚌寺坐床。到1630年，蒙古察哈尔部林丹汗受后金压迫，向西击败土默特部，并向青海移动，格鲁派再次处于危险之中。在这种情况下，格鲁派第巴索南热丹派人向信奉格鲁派不久的在新疆的卫拉特蒙古求救。1636年和硕特部首领固始汗率兵进入青海，并在1637年到1639年攻占青海和康区。1642年固始汗和格鲁派联合攻打第悉藏巴，打下了日喀则，消灭了第悉藏巴政权，建立起和硕特部和格鲁派联合统治的甘丹颇章政权。

1795年乾隆皇帝退位，以太上皇的身份接受出家戒和比丘戒，命画工画了他身着袈裟的藏式唐卡，派专人送到拉萨。1798年八世达赖喇嘛在布达拉宫的三界殊胜寝殿（萨松南杰殿）内专门建造佛龛供奉乾隆皇帝的僧装画像，像前还供有“当今皇帝万岁万万岁”的牌位，后来认定十世、十一世、十二世达赖喇嘛的金瓶掣签仪式即是在这里举行的。